La digestion se décompose en trois phases; La première phase est la phase buccale. Les aliments sont déchiquetés et écrasés par l'action des dents. Ils sont également imprégnés de salive. La salive va "lubrifier" les particules alimentaires pour faciliter leur transit. Elle contient également de l'amylase, une enzyme qui prépare la digestion de l'amidon (à condition que la température ne soit pas trop élevée).

La deuxième phase est stomacale. Dans l'estomac, le bol alimentaire se retrouve dans un milieu acide (pH entre 1,5 et 4). La pepsine (composée majoritairement d'acide aspartique et d'acide glutamique) dégrade les protéines en hydrolysant une partie des liaisons peptidiques. L'estomac absorbe une partie des sels et de l'eau contenus dans le bol alimentaire.

La troisième phase est intestinale. Trois sucs (liquides biologiques) interviennent au coirs de cette phase. Le suc intestinal permet de digérer les sucres. La bile prépare l'assimation des graisses. L'action du suc pancréatique est essentielle. Il est composé de bicarbonate et d'enzymes. Il poursuit l'hydrolyse des protéines (trypsine), "dépolymérise" l'amidon (amylase) et contribue à l'hydrolyse des tri et diglycérides (lipase). Les aliments décomposés assimilables traversent la paroi de l'intestin grèle. Le glucose et les acides aminés passent dans les vaisseaux sanguins, les acides gras dans les vaisseaux lymphatiques. Eau, sels et vitamines passent dans les deux types de vaisseaux.

Les résidus non absorbés passent ensuite dans le côlon (partie du gros intestin qui précède le rectum) où ils se forment les matières fécales.